在万国觉醒中高效运作多支队伍的核心在于确立明确的队伍分工与协同作战体系。玩家需要将有限的队伍划分为承担不同职责的模块，例如分为负责核心输出与决战的主攻队，以及提供控制、治疗、增益或防御支持的辅助队。这种分工确保了每支队伍都能在战场上发挥其最大价值，而非功能重叠。主攻队应优先配置具有高伤害能力的武将，例如强力的骑兵突击型或步兵爆发型统帅，以确保能够快速消灭关键目标；辅助队则更适合选择带有减速、治疗或群体增益效果的武将，以此延长整体队伍的战场生存与持续作战能力。两支队伍的兵种搭配也需讲究策略互补，例如当主攻队使用骑兵时，辅助队可考虑搭配步兵或弓兵，以应对不同的战场情况并形成攻防一体。
运作多支队伍的基础是解锁并增加可同时派遣的队列数量，而这与主城等级直接相关。提升市政厅等级是增加派遣队列的根本途径，将主城升至11级即可同时派出两支队伍，而通过持续升级最终可以解锁多达五个队列。每一支队伍都可以独立执行采集、战斗、侦察等任务，这极大地提升了玩家同时处理多项事务的效率。需在进行移民等重要操作时，必须确保所有行军队列都处于空闲状态。部队的容量，即单支队伍能带领的士兵数量，则受到武将等级、技能天赋以及主城等级的综合影响，提升这些方面能有效增强每支队伍的独立作战能力。
资源与养成资源的倾斜式分配是维持多支队伍高效运作的基石。主攻队由于其承担着主要的战斗职责，应优先获得高级装备、技能升级材料和天赋强化资源，以最大化其输出与生存能力。辅助队则应将资源侧重投入于功能性装备以及增强其辅助效果的天赋上。行动力的管理尤为关键，多支队伍应错开其高消耗战斗的节奏，避免行动力瞬间枯竭。在打野时，可由主攻队清理高等级野蛮人据点，而辅助队则同步进行资源采集或建筑占领，实现资源获取与战力提升的并行。在PVP场景中，主攻队负责正面交锋，辅助队可执行迂回干扰、保护建筑或支援友军等任务。
武将的搭配与培养需要根据队伍定位进行精细化规划。主攻队的武将组合追求极致的伤害或突击能力，例如萨拉丁搭配铁木真组成强力的骑兵输出核心，而理查一世与查理马特的组合则能提供顶级的防御与反伤效果，成为坚固的坦克。辅助队则可选择埃塞尔弗莱德、贞德等提供群体减益或增益的统帅。对于平民玩家而言，优先培养孙武、贝利撒留、拜巴尔等性价比高的紫色武将，并专注于通过远征商店等途径获取并觉醒埃塞尔弗莱德这类关键橙色武将，是组建多支有战斗力队伍的务实选择。天赋配置上，主攻队应优先点满攻击系天赋，辅助队则需侧重防御或辅助系天赋。
在多支队伍的实战操作与战术执行层面，游戏的自由行军机制提供了丰富的微操空间。玩家可以通过双击屏幕上的某一支部队来快速选定当前屏幕内的所有部队，并指挥它们同步行动，这一技巧在组织多队打野或发起协同进攻时非常实用。在战场上，每支队伍的阵型布置与站位调整直接影响战局，主攻队应抢占关键节点或攻击敌方薄弱区域，辅助队则需根据敌方动向灵活调整，进行警戒、掩护或治疗。重要的是，队伍之间需保持合理的距离，以避免被敌方的范围技能同时覆盖，同时又要确保能够及时相互支援。撤退与驻扎功能的合理使用，也使得玩家能够在战局不利时保存实力或进行战术停顿。
