查克拉修炼方法的根源可以追溯到极为远古的天树之国与大筒木一族。最初的线索指向了大筒木桃式，他被认为是神树的真正种植者，而神树果实则是所有查克拉的终极能量源头。大筒木辉夜作为被派遣者，在面临绝境时吞食了这颗禁果，从而成为第一个获得并使用查克拉力量的存在，她的行为无意间成为了忍者世界力量体系的起点，而不仅仅是为了平息战乱。这一起源揭示了查克拉并非与生俱来，而是源自于上古时期的外星文明对地球的干预与能量播种。
查克拉本身被定义为一种由人体内部产生的特殊能量，它是精神能量与身体能量完美融合后的产物。这种能量是施展一切忍术、幻术和体术的根本动力来源，甚至可以实体化用作攻击或防御。其概念并非岸本齐史的凭空创造，而是深深植根于古印度神话中的轮脉学说，同时融入了日本古代武士与忍者的密教修炼传统。查克拉修炼方法从根子上就融合了东方的哲学思想与身体修行观念，强调内在能量的提炼与掌控。
忍者体系的发展，对查克拉的运用从基础提炼走向了更精深和危险的领域，八门遁甲便是这一发展的极端体现。这是一种通过强行解开人体内自然存在的八个查克拉通道限制，以透支生命力为代价、换取瞬间爆发性力量的终极体术。它证明了查克拉不仅存储在常规经络中，也被束缚在特定的穴道内。修炼此术的关键在于超越极限的肉体锻炼，以使身体能够承受门开启后的巨大负荷，这反映了查克拉修炼方法中关于人体潜能开发的残酷一面。
忍者们进一步将查克拉细分并发展出更复杂的修炼体系。根据性质变化，查克拉主要被分为火、水、风、雷、土、阴、阳七种基础属性，这些属性之间存在相生相克的关系。雷属性克制土属性，而风属性则被火属性克制。两种不同属性的查克拉融合可能产生新的血继限界，这促使修炼者不仅需要提升查克拉的总量，更需要深入研究其性质的变化与组合，使得查克拉修炼从单纯的能量积累演变为一门精密的属性科学。
关于查克拉的增长与修炼，存在一个普遍的认知框架：查克拉量在一定程度上受天赋影响，但其上限可以通过后天修炼来拓展。最有效的增长期被认为是忍者学校及下忍阶段，此时期忍者能安全地将精神和体力提炼至枯竭，从而刺激潜能。而在成为中忍或上忍后，由于需要随时保持战斗状态，这种纯粹为了增加容量的极限提炼变得不切实际，修炼重点便转向了对已有查克拉的更高效利用及忍术的精研。这一修炼重心的转移，体现了忍者成长过程中对不同阶段查克拉需求的适应性策略。
后世的一些理论与猜想，则试图在传统框架之外探索查克拉的更多可能性。有观点认为，已知的查克拉经络系统并非全部，可能还存在未被发现的隐秘路径。八门遁甲所涉及的八个穴位，其原理或许可以被另一种更温修炼体系所解释，从而安全地调用其中储存的能量。这些思考暗示着查克拉修炼方法的历史并非封闭的画卷，它仍然留有未被完全解读的空白，吸引着后来者去探索人体与能量更深层次的联结。
